两个股东一起开了一家超市，一个股东辞职了，

装修费是否算亏损需具体分析。依据法律规定，亏损范围需按约定或实际损失计算，《公司法》等有相关规定。若不及时处理，可能影响超市运营及股东间关系。
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处理此问题常见方式有协商、评估、诉讼。首先尝试协商，不成则请专业机构评估装修费及亏损，最后可考虑诉讼解决，选择需根据实际情况决定。
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股东撤资需慎处。操作如下：1.协商确定装修费是否计入亏损；2.如协商不成，聘请第三方评估机构评估；3.根据评估结果，按法律规定和公司章程处理撤资事宜；4.若无法达成一致，可通过法律途径解决争议。